Nach 6-jähriger Amtszeit der ersten wurde am 8. November 1994 die zweite Kirchenverwaltung gewählt. 121 Wähler verteilten ihre Stimmen auf elf Kandidatinnen und Kandidaten, von denen gewählt wurden: Andreas Brandhuber, Dr. Friedrich Kappius, Charlotte Pelzer, Günther Scholze, Katharina Viereckl und Maria Wittmann-Sperber. In dieser Konstellation blieb die Kirchenverwaltung über die gesamte Wahlperiode im Amt. Während Franz Guth als Pfarrer von St. Xystus und der Apostelkirche der nominelle Vorstand der Kirchenverwaltung war, übte Pastoralreferent Engelbert Rauh weiterhin diese Funktion de facto aus. Günther Scholze bekleidete wiederum das Amt des Kirchenpflegers, Charlotte Pelzer war Schriftführerin. Auch nach dem Ausscheiden aus der Kirchenverwaltung blieb Maria Gebhardt Hortbeauftragte.
Die Tätigkeit dieser Kirchenverwaltung bestand vor allem aus viel Routinearbeit: Neben den Haushaltsplänen und Jahresrechnungen von Filialkirchenstiftung, Hort und später auch der Krippe waren laufend Angelegenheiten des Hort- und Krippenpersonals zu besprechen.
Alles andere als Routine war dagegen der Streit mit den Architekten von Kirche und Gemeindezentrum Grün & Cokbudak. Es ging um Bauschäden, die bald nach Fertigstellung der Gebäude aufgetreten waren und den Architekten angelastet wurden. In einer Gerichtsverhandlung in Nürnberg am 21.11.1995 schlug der Richter einen Vergleich vor, der den Architekten die Zahlung von DM 130.000,- auferlegte. Beide Seiten akzeptierten den Vergleich. Das erstrittene Geld wurde weitgehend für die Beseitigung der Schäden verwendet, wobei die größten Posten Maurer- und Flaschnerarbeiten waren, die bei der Erneuerung von Blechabdeckungen auf den Dächern von Kirche und Gemeindezentrum notwendig geworden waren.
Zwei größere Anschaffungen beschäftigten die Kirchenverwaltung für längere Zeit: eine neue Orgel in der Kirche und ein Blockheizkraftwerk im Keller. Die vorhandene elektronische Orgel litt ab dem Frühjahr 1997 zunehmend unter Altersschwäche und da seit Längerem eine zweckgebundene Spende einer Privatperson in Höhe von DM 30.000 vorhanden war, wurde die Anschaffung einer neuen Orgel ins Auge gefasst. Von Seiten des Erzbischöflichen Ordinariats, namentlich des Domorganisten Willinger, wurde erheblicher Druck ausgeübt, einer Pfeifenorgel gegenüber einer elektronischen den Vorzug zu geben, was jedoch wegen des immensen Preisunterschieds keine Mehrheit in Kirchenverwaltung und Pfarrgemeinderat fand. Nach einer Reihe von Besichtigungen in verschiedenen Kirchen wurde schließlich die Anschaffung einer elektronischen Resonatorenorgel der Fa. Kienle aus Ditzingen beschlossen, wozu das Ordinariat schließlich „ausnahmsweise“ sein Plazet gab, einen Zuschuss jedoch ablehnte. Die Orgel kostete einschließlich Montage und Intonation rund DM 53.000, sie wurde im März 2000 aufgestellt und am Pfingstsonntag feierlich eingeweiht.
Im Mai 1999 befasste sich die Kirchenverwaltung erstmals mit einem Projekt, das von Seiten des Erzbischöflichen Ordinariats stark befürwortet worden war. In Folge einer vom Umweltbeauftragten der Erzdiözese initiierten Energieanalyse in kirchlichen Gebäuden wurden im ganzen Erzbistum drei Pilotprojekte definiert, in denen mit Hilfe eines sog. Blockheizkraftwerkes (BHKW) in ökologisch sinnvoller Weise sowohl Räume beheizt, als auch elektrische Energie erzeugt werden sollten. Wegen der relativ hohen Energieverbrauchswerte wurde das Ensemble von Kirche, Gemeindezentrum und Hort der Apostelkirche als Pilotprojekt ausgewählt. Den Beschluss, das Projekt zu realisieren, fasste die Kirchenverwaltung im Juni 1999, den konkreten Bauauftrag erteilte das Ordinariat, da dieses auch bereit war, die gesamten Baukosten zu tragen. Das BHKW ging im November des gleichen Jahres in Betrieb.